Né le 24 décembre 1970 à Los Angeles, en Californie, Breck Eisner est le fils de Michael Eisner, ancien président-directeur général de la Walt Disney Company, et de Jane Breckenridge, conseillère financière. Il étudie l'anglais et le théâtre à l'université de Georgetown, puis obtient un master en cinéma à la USC School of Cinematic Arts en 1996. Il débute sa carrière en réalisant plusieurs dizaines de publicités récompensées pour des marques comme Budweiser, Coca-Cola, Nike ou Coors. En 2005, il signe son premier long métrage professionnel, Sahara, film d'aventures adapté d'un roman de Clive Cussler avec Matthew McConaughey et Penélope Cruz, qui se révèle être un échec commercial retentissant pour le studio. Il retourne un temps à la télévision avant de revenir au cinéma en 2010 avec The Crazies, remake du film de George A. Romero sorti en 1973, porté par Timothy Olyphant, qui rencontre un succès critique et commercial. Il réalise ensuite en 2015 Le Dernier Chasseur de sorcières, film fantastique avec Vin Diesel. Il devient par la suite un réalisateur régulier de séries télévisées de genre, dont The Expanse, pour laquelle il obtient plusieurs prix Saturn, ainsi que Locke & Key et The Walking Dead.
Le cinéma de Breck Eisner privilégie le grand spectacle populaire et le cinéma de genre, entre aventure, horreur et fantastique, avec un sens du rythme et de l'image hérité de son expérience publicitaire. Sur The Crazies, il privilégie une tension psychologique et une atmosphère de suspicion croissante plutôt qu'un déferlement de zombies classique.
Breck Eisner reçoit une nomination aux Saturn Awards de la télévision en 2020 pour sa réalisation d'un épisode de The Expanse, puis deux prix consécutifs en 2022 et 2023 pour la même série.
Il fonde en 2024 la société de production Expanding Universe avec les créateurs de The Expanse, Naren Shankar, Daniel Abraham et Ty Franck, avec lesquels il poursuit une collaboration régulière en développement de séries de science-fiction.