Plusieurs années après avoir quitté le FBI, Fox Mulder vit reclus tandis que Dana Scully, devenue médecin dans un hôpital catholique, tente de sauver la vie d'un jeune garçon atteint d'une maladie dégénérative incurable. Les deux anciens agents sont rappelés en service lorsqu'une collègue du FBI disparaît mystérieusement, une enquête qui les mène jusqu'à un ancien prêtre pédophile prétendant recevoir des visions psychiques liées à l'affaire. Mulder, toujours avide de croire à l'inexplicable, et Scully, plus sceptique que jamais, doivent composer avec leurs anciennes tensions pour élucider cette disparition. Ensemble, ils devront déterminer si les visions du prêtre relèvent du don véritable ou de la manipulation la plus cynique.