Au 4ème siècle à Alexandrie, la philosophe Hypathie tente de préserver le savoir antique face à la montée du christianisme et des conflits religieux. Protégée par le gouverneur Oreste, elle devient la cible des fanatiques chrétiens menés par l'évêque Cyrille. Son destin tragique scelle la fin d'une époque de tolérance et de savoir.