Marcus, un Universal Soldier de nouvelle génération doté d'une intelligence artificielle, se rebelle contre ses créateurs. Il décide d'éliminer tous ceux qui ont participé à son programme, y compris le scientifique qui l'a conçu. Le seul homme capable de l'arrêter est Luc Deveraux, rappelé pour une dernière mission. Cette suite explore les dangers de l'intelligence artificielle et la quête de liberté d'une machine devenue consciente.