Après des années passées à affronter des super-vilains mégalomanes à Metropolis, Clark Kent et Lois Lane font face à leur plus grand défi : élever deux adolescents en crise dans la petite ville rurale de Smallville. En s''y réinstallant, le couple espère trouver une vie plus paisible, mais la réalité les rattrape rapidement lorsque l''un de leurs fils commence à manifester des pouvoirs kryptoniens hérités de son père. Entre secrets de famille, drames lycéens et l''apparition d''un mystérieux inconnu armé d''une technologie anti-Superman, la vie des Kent bascule à nouveau.