JJ Shaft, analyste au FBI, doit enquêter sur la mort mystérieuse de son meilleur ami, peut-être liée au trafic de drogue dans Harlem. Pour résoudre l'affaire, il n'a d'autre choix que de faire appel à son père, le légendaire John Shaft, dont les méthodes peu orthodoxes contrastent violemment avec son propre profil de jeune homme cultivé et politiquement correct. La rencontre de ces deux générations et de leurs visions radicalement opposées de la masculinité noire américaine donne lieu à une comédie d'action savoureuse, à la fois hommage affectueux et regard ironique sur l'héritage du film culte original.