Rémy est un jeune rat d'égout parisien qui possède un odorat extrêmement développé et un rêve totalement hors du commun pour sa condition : devenir un grand chef cuisinier français. Séparé de sa colonie après une fuite précipitée, il se retrouve par chance dans les sous-sols du restaurant prestigieux fondé par son idole culturelle, le regretté Auguste Gusteau. Dans les cuisines, Rémy fait la rencontre inattendue d'Alfredo Linguini, un jeune commis maladroit qui vient d'être engagé et qui ne sait absolument pas cuisiner. Les deux personnages nouent alors un pacte secret extraordinaire : caché sous la toque de Linguini, Rémy va diriger ses mouvements de bras en lui tirant les cheveux pour concocter des plats gastronomiques mémorables.