Dans la forêt tropicale d'Okoya, un sanctuaire Pokémon protégé par des règles strictes interdisant aux étrangers d'y pénétrer, un jeune garçon nommé Coco grandit auprès d'un Zarude solitaire qui l'a recueilli et élevé comme son propre fils. Persuadé d'être lui-même un Pokémon, Coco découvre un jour le monde des humains en croisant la route de Sacha et de son fidèle Pikachu. Cette rencontre va bouleverser sa vision du monde et le pousser à s'interroger sur ses véritables origines, tandis que la forêt qui l'a vu grandir se trouve elle-même menacée.