Ash et ses amis se retrouvent au cœur d'un affrontement titanesque entre Arceus, le Pokémon Dieu créateur de l'univers, et les légendaires Dialga, Palkia et Giratina. Blessé et trahi par les humains des millénaires plus tôt, Arceus revient pour se venger de toute l'humanité. Un jeune garçon nommé Sheena, héritière d'un ancien don de communication avec les Pokémon, représente le dernier espoir de réconciliation entre les deux espèces. Ash et ses compagnons devront tout mettre en œuvre pour empêcher l'apocalypse et restaurer la confiance entre les hommes et leur créateur.