Dans un monde rongé par la violence et la cupidité des hommes, Noé reçoit une vision prophétique annonçant un déluge destiné à effacer l'humanité corrompue de la surface de la Terre. Guidé par cette mission divine, il entreprend de construire une arche immense afin de sauver sa famille et un couple de chaque espèce animale. Alors que la pluie s'apprête à tout engloutir, Noé doit affronter les hordes désespérées cherchant à s'emparer de son embarcation, ainsi que ses propres doutes sur la nature de l'humanité qu'il est censé préserver. Le film transforme le récit biblique en une épopée fantastique et intime sur la culpabilité, la foi et le libre arbitre.