Italie, fin du seizième siècle. Menocchio, meunier autodidacte et têtu d'un village reculé du Frioul, est accusé d'hérésie après avoir défendu publiquement ses propres idées sur Dieu, l'amour et la pauvreté. Refusant de renier ses convictions face à l'Inquisition, il se retrouve entraîné dans un long combat judiciaire et spirituel contre le pouvoir religieux en place. Le film retrace ce bras de fer entre un homme du peuple et une institution toute-puissante, dans une reconstitution âpre et picturale du Cinquecento.