En 1979, Michael Corleone, vieillissant et rongé par la culpabilité, cherche à légitimer l'empire familial. Il veut se rapprocher de l'Église et de la société honnête grâce à une immense donation au Vatican. Mais la mafia et la corruption de la Banque du Vatican le rattrapent. Il prend sous son aile son neveu Vincent, fils de Sonny, pour en faire son successeur. Entre affaires, amour interdit et trahisons, Michael va payer le prix de ses péchés passés.