Nathan Algren est un capitaine américain vétéran de la Guerre Civile, brisé par les atrocités qu'il a commises contre les Amérindiens et noyant sa culpabilité dans l'alcool. Engagé par le gouvernement japonais pour entraîner les nouvelles armées impériales contre les samouraïs traditionnels qui résistent à la modernisation forcée du Japon de l'ère Meiji, il est capturé lors d'une première bataille par Katsumoto, le chef des derniers samouraïs. Vivant parmi eux pendant l'hiver, apprenant leur code d'honneur et leur façon de vivre, Algren va être profondément transformé et se retrouvera à devoir choisir son camp lors de la bataille finale.