À Varsovie, au début de la Seconde Guerre mondiale, Jan Żabiński et son épouse Antonina dirigent avec passion le zoo de la ville, un havre de paix pour les animaux. Lorsque l'Allemagne nazie envahit la Pologne et commence à persécuter la population juive, le couple refuse de rester passif face à la barbarie humaine. Ils prennent le risque immense de transformer les cages vides et les souterrains de leur domaine en une cachette clandestine pour sauver des centaines de personnes du ghetto. Sous les yeux du chef zoologiste du Reich qui surveille le zoo, Antonina mène une résistance héroïque au péril de sa vie.