Treize siècles avant notre ère, Sinouhé, enfant abandonné, est recueilli et élevé par un médecin qui lui transmet son savoir et sa vocation. Devenu adulte, il s'installe à Thèbes et sauve fortuitement un inconnu dans le désert, qui se révèle être le pharaon Akhénaton, lequel en fait son médecin personnel. Mais Sinouhé tombe éperdument amoureux de Nefer, une courtisane babylonienne aussi belle que cupide, qui le pousse à sa perte et le dépouille de tous ses biens. Rongé par les regrets et confronté aux bouleversements religieux imposés par Akhénaton, Sinouhé devra reconstruire sa vie et retrouver le sens de sa vocation initiale.