Dans un futur proche, le Major est une cyborg unique : un cerveau humain sauvé d'un terrible accident et implanté dans un corps synthétique. Elle dirige la Section 9, unité d'élite anti-terroriste. Lancée sur la piste du mystérieux pirate Kuze, elle découvre que son passé a été manipulé. Ses souvenirs, son identité, tout pourrait être un mensonge. Elle part alors en quête de vérité sur qui elle était avant de devenir une arme.