En 1609, le peintre Michelangelo Merisi, dit le Caravage, est contraint de fuir Rome après avoir tué un homme lors d'une rixe, et trouve refuge à Naples sous la protection de la puissante famille Colonna. Espérant obtenir la grâce du pape pour revenir dans la ville éternelle, il attend fébrilement une décision qui pourrait changer le cours de sa vie. Le souverain pontife charge alors un mystérieux enquêteur, surnommé l'Ombre, de mener une enquête approfondie sur l'artiste, dont l'œuvre transgressive et la vie dissolue sont jugées contraires à la morale de l'Église. À travers cette investigation, se dessine le portrait d'un génie tourmenté, tiraillé entre ses vices et son immense talent.