Un mystérieux assassin masqué — le Fantôme — élimine méthodiquement les parrains de la mafia de Gotham City, faisant peser les soupçons sur Batman. Pendant ce temps, Bruce Wayne retrouve Andrea Beaumont, l'amour de sa jeunesse, dont la disparition mystérieuse des années plus tôt l'avait conduit à devenir Batman. Ces deux fils narratifs convergent vers une révélation qui bouleverse tout ce que Bruce croyait savoir. *Batman contre le Fantôme Masqué* est unanimement considéré comme l'un des meilleurs films Batman jamais réalisés, une œuvre d'animation adulte et mélancolique d'une profondeur émotionnelle rare.