Maltazard, désormais bloqué dans le monde des humains sous une forme géante, cherche à mettre la main sur les objets qui lui permettraient de dominer les deux mondes à la fois. Arthur doit unir ses forces avec les Minimoys restés dans leur royaume miniature pour l'empêcher de mener à bien son plan. La confrontation finale entre les deux mondes, réel et minuscule, prend une ampleur inédite dans ce dernier volet de la trilogie initiale. Le jeune héros devra faire des choix décisifs pour protéger à la fois sa famille et ses amis Minimoys.