Né en 1976 dans le quartier du Bronx à New York au sein d'une famille d'origine irlandaise, Jonathan Lisecki étudie le théâtre à l'université avant de débuter comme acteur au sein de la scène indépendante new-yorkaise. Il réalise en 2008 son premier court métrage, Woman in Burka, comédie noire satirique sur les stéréotypes hollywoodiens post-11-Septembre, présentée en première au Festival de Slamdance et récompensée d'un certificat de mérite pour son écriture au Festival du film de Sarasota. Il connaît un succès marquant en 2010 avec le court métrage Gayby, exploration comique de l'amitié et de la parentalité non conventionnelle entre une femme hétérosexuelle et son meilleur ami gay, projeté dans plus de cent festivals sur six continents et récompensé du prix spécial du jury au Festival du film de Philadelphie. Il en tire en 2012 un long métrage du même nom, présenté en compétition au festival SXSW, avec dans sa distribution le jeune Adam Driver, qui lui vaut une nomination à l'Independent Spirit Award du meilleur premier scénario. Il poursuit sa carrière entre écriture, réalisation et interprétation, notamment en tant que scénariste de Modern Persuasion en 2020, confirmant sa réputation de voix singulière de la comédie indépendante new-yorkaise consacrée aux amitiés et familles non conventionnelles.
Sa formation théâtrale et son expérience d'acteur dans le milieu de la comédie indépendante new-yorkaise nourrissent un sens aigu du dialogue et du timing comique, perceptible dans l'ensemble de sa filmographie. Son insatisfaction face au manque de comédies gays bienveillantes et non mesquines, qu'il exprime explicitement en interview, oriente directement l'écriture de Gayby et sa volonté de proposer un humour chaleureux plutôt que cynique. La scène de la comédie indépendante new-yorkaise du début des années 2010, dont il partage l'énergie avec des créateurs comme Lena Dunham, influence également le ton et le casting de ses films les plus personnels.
Lisecki privilégie une mise en scène simple et directe, concentrée avant tout sur la performance des acteurs et la précision des dialogues plutôt que sur la virtuosité visuelle, qu'il reconnaît lui-même ne pas être sa priorité première. Il sait installer un humour chaleureux et bienveillant, refusant la méchanceté gratuite au profit d'une célébration sincère de l'amitié et de la famille choisie. Sa direction d'acteurs, nourrie par sa propre expérience de comédien, privilégie une complicité naturelle entre les interprètes, souvent issus de son propre réseau artistique new-yorkais.
Jonathan Lisecki est nommé à l'Independent Spirit Award du meilleur premier scénario en 2013 pour Gayby, tandis que le court métrage du même titre remporte le prix spécial du jury au Festival du film de Philadelphie ainsi que plusieurs autres récompenses dans des festivals à travers le monde.
Jenn Harris et Matthew Wilkas, interprètes principaux du court métrage puis du long métrage Gayby, constituent ses collaborations actorales les plus emblématiques. Adam Driver, présent dans la distribution du long métrage Gayby avant sa consécration internationale ultérieure, marque également l'une des collaborations les plus commentées de sa filmographie. Il travaille aussi comme scénariste pour d'autres réalisateurs, notamment sur Modern Persuasion en 2020.
L'amitié platonique entre personnes hétérosexuelles et homosexuelles, poussée jusqu'au projet commun de fonder une famille, constitue le motif fondateur de son œuvre la plus reconnue, Gayby. La famille choisie et les structures familiales non conventionnelles, loin des schémas romantiques classiques, occupent également une place centrale dans son cinéma. La satire douce des stéréotypes sociaux et culturels, perceptible dès Woman in Burka, traverse enfin l'ensemble de son travail de scénariste et de réalisateur.