Né le 25 novembre 1947 à Paris de parents américains, Jonathan Kaplan est le fils du compositeur de musique de film Sol Kaplan et de l'actrice Frances Heflin, ainsi que le neveu de l'acteur Van Heflin. Sa famille s'installe d'abord à Hollywood puis, lorsque son père est mis sur liste noire, déménage à New York, où l'enfant joue notamment dans la production Broadway The Dark at the Top of the Stairs mise en scène par Elia Kazan. Diplômé de l'université de Chicago, il étudie le cinéma à l'université de New York sous la tutelle de Martin Scorsese, qui le recommande au producteur Roger Corman : celui-ci lui offre sa chance de réaliser son premier long métrage, Night Call Nurses (1972), suivi du thriller Le Pénitencier (1973) avec Jim Brown. Il connaît son premier film culte avec Violences sur la ville (1979), portrait de la rébellion adolescente en banlieue avec un jeune Matt Dillon, avant de signer Pied au plancher (1983), biopic consacré à la pionnière des courses de dragsters Shirley Muldowney. Sa consécration critique arrive en 1988 avec Les Accusés, drame judiciaire sur les agressions sexuelles qui vaut à Jodie Foster son premier Oscar de la meilleure actrice. Il enchaîne avec Obsession fatale (1992) et Love Field (1992), qui vaut également une nomination à l'Oscar à Michelle Pfeiffer. Entre 1997 et 2009, il réalise quarante épisodes de la série Urgences et en produit cent quatre-vingt-dix-huit, avant de mourir d'un cancer du foie le 1er août 2025 à Los Angeles.
Sa naissance dans une famille de l'industrie du spectacle, entre un père compositeur mis sur liste noire et une mère actrice de longue date, façonne dès l'enfance sa sensibilité au monde du cinéma et à ses réalités professionnelles. Sa formation auprès de Martin Scorsese à l'université de New York, puis sa collaboration formatrice avec le producteur Roger Corman, l'initient à un cinéma de genre rapide et efficace qui structure durablement sa méthode de travail. Il cite lui-même Alfred Hitchcock, Howard Hawks, John Ford, George Cukor et Raoul Walsh comme les réalisateurs qu'il admire le plus, une référence classique perceptible dans la rigueur narrative de ses films les plus aboutis.
Kaplan développe un cinéma capable de traverser tous les genres, de l'exploitation la plus assumée au drame judiciaire le plus sérieux, avec une constante attention portée à la représentation sans complaisance de sujets difficiles. Sa mise en scène des Accusés, saluée pour son traitement frontal des agressions sexuelles, témoigne d'un souci d'authenticité rare pour l'époque dans le cinéma hollywoodien grand public. Il affirmait lui-même qu'à l'exception de Shakespeare, aucune ligne de dialogue ni aucune mise en place ne devait être considérée comme intouchable, une philosophie de la souplesse narrative qu'il applique tout au long de sa carrière.
Jonathan Kaplan dirige deux actrices vers une nomination à l'Oscar de la meilleure actrice, Jodie Foster pour Les Accusés en 1988, qui remporte la statuette, et Michelle Pfeiffer pour Love Field en 1992. Il reçoit également cinq nominations aux Emmy Awards pour son travail de réalisateur et de producteur sur la série Urgences entre 1997 et 2005.
Le producteur Roger Corman, qui lui offre sa première chance de réalisateur, demeure une figure fondatrice de ses débuts de carrière. Il collabore à plusieurs reprises avec les acteurs Leo Rossi et Harry Northup, ainsi qu'avec le cinéaste Joe Dante sur plusieurs projets documentaires consacrés à l'héritage de Roger Corman.
La violence, en particulier celle subie par les femmes et les minorités, ainsi que sa représentation à l'écran sans complaisance, constitue le fil conducteur le plus identifiable de son œuvre, des Accusés à Obsession fatale. La rébellion adolescente et le désœuvrement des jeunes en périphérie urbaine, thème central de Violences sur la ville, traverse également une partie de sa filmographie. Kaplan s'intéresse enfin aux institutions et à leur capacité, ou leur incapacité, à rendre justice aux plus vulnérables.