Né le 13 janvier 1950 à Chicago, John McNaughton étudie la production télévisuelle au Columbia College de sa ville natale avant de débuter sa carrière en réalisant des documentaires et des films institutionnels. En 1984, il signe Dealers in Death, documentaire consacré à l'histoire du grand banditisme américain. Avec un budget dérisoire d'environ 110 000 dollars, il tourne en 1986 son premier long métrage de fiction, Henry, portrait d'un serial killer, inspiré de la vie du tueur Henry Lee Lucas. Le film, jugé trop dérangeant, est bloqué par la censure américaine et ne sort en salles qu'en 1990, avant de devenir culte et de figurer dans les meilleures listes de l'année de Time, USA Today et du Chicago Tribune. Repéré par Martin Scorsese, McNaughton réalise ensuite Mad Dog and Glory en 1993, avec Robert De Niro et Bill Murray. En 1998, il connaît son plus grand succès commercial avec le thriller érotique Sexcrimes, porté par Matt Dillon, Denise Richards et Neve Campbell. Il poursuit sa carrière principalement à la télévision dans les années 2000, réalisant notamment un épisode de l'anthologie Masters of Horror.
McNaughton s'est nourri du cinéma indépendant et du réalisme cru des années 1970 et 1980 pour construire l'esthétique implacable de Henry, portrait d'un serial killer. Sa fascination pour les personnages évoluant en marge de la société, allergiques aux règles établies, irrigue l'ensemble de sa filmographie. Le cinéma noir classique, avec ses figures ambiguës et ses intrigues sinueuses, nourrit directement des films comme Sexcrimes. Sa formation documentaire initiale a également façonné un goût pour un réalisme non complaisant, refusant le jugement moral explicite sur ses personnages.
Le cinéaste s'est imposé par une approche frontale et non moralisatrice de la violence, refusant de spectaculariser ses sujets les plus sombres. Sa mise en scène, sobre et clinique dans Henry, laisse une large place au malaise et à l'ambiguïté plutôt qu'à l'explication psychologique. Dans ses films suivants, il a su intégrer davantage d'éléments de genre, entre thriller érotique et comédie noire, sans jamais renoncer à son goût pour les personnages troubles. Sa direction d'acteurs, saluée notamment pour la performance de Michael Rooker dans Henry, reste l'une des marques constantes de son cinéma.
Henry, portrait d'un serial killer n'a reçu aucune récompense majeure lors de sa sortie tardive, mais a acquis au fil des décennies un statut culte largement reconnu par la critique. McNaughton n'a pas été distingué dans les grandes cérémonies internationales au cours de sa carrière, sa reconnaissance reposant essentiellement sur l'aura underground de son œuvre. Le film demeure toutefois régulièrement cité parmi les œuvres les plus marquantes du cinéma indépendant américain des années 1980.
Le producteur Steven A. Jones a accompagné McNaughton dès Henry, portrait d'un serial killer et sur plusieurs de ses projets suivants. Le chef opérateur Jeffrey L. Kimball, également connu pour son travail avec Tony Scott, a signé l'image de Sexcrimes. Michael Rooker, révélé par Henry, est resté une figure associée à l'univers du cinéaste dans l'imaginaire collectif, bien qu'il n'ait pas retourné avec lui par la suite. Martin Scorsese, séduit par Henry, a produit Mad Dog and Glory, marquant l'une des collaborations les plus prestigieuses de la carrière de McNaughton.
La banalité du mal et l'absence de frontière nette entre normalité et monstruosité structurent l'ensemble de son œuvre, depuis Henry jusqu'à ses films suivants. Les personnages évoluant aux marges de la société, échappant aux structures familiales ou sociales conventionnelles, reviennent constamment. Le désir et la manipulation, souvent teintés d'ambiguïté morale, occupent une place centrale dans des films comme Sexcrimes. Enfin, une fascination pour la véracité documentaire du crime, héritée de ses débuts, continue d'innerver sa manière de filmer la violence.