Né à Cuba le 20 décembre 1968, Eduardo Sánchez a vécu en Espagne, à Washington puis en Floride avant de se consacrer au cinéma. Il étudie l'audiovisuel au Montgomery College dans le Maryland, où il réalise Video All, avant d'écrire et de réaliser le long métrage Gabriel's Dream, tourné en 16 mm à l'université de Floride centrale. C'est là qu'il rencontre Daniel Myrick et le producteur Gregg Hale, avec lesquels il fonde la société Haxan Films. En 1999, il coécrit et coréalise avec Myrick Le Projet Blair Witch, phénomène culturel et commercial qui invente à lui seul les codes modernes du found footage horrifique. Il poursuit avec des films plus confidentiels tels qu'Altered en 2006, puis Septième Lune en 2008, avant de réaliser Exists en 2014, retour au genre found footage sur le mythe de Bigfoot. En 2022, il coréalise l'anthologie horrifique Satanic Hispanics, confirmant son attachement au cinéma de genre indépendant.
Fasciné dès l'adolescence par les récits d'ovnis et les phénomènes inexpliqués, Sánchez a construit une bonne partie de son œuvre autour de cette porosité entre croyance populaire et réalité filmée. Il cite volontiers l'influence des films d'horreur psychologique tels que The Shining et L'Exorciste, qu'il juge plus terrifiants que les films reposant sur les seuls effets spéciaux. Le cinéma de monstres classique, notamment les récits autour de Bigfoot qui l'ont marqué enfant, nourrit directement des films comme Exists. Son parcours personnel entre Cuba, l'Espagne et les États-Unis a également influencé son goût pour les récits de déracinement et d'altérité.
Sánchez partage avec Myrick une approche fondée sur l'immersion documentaire et la caméra subjective, cherchant à instaurer un climat de peur psychologique plutôt que spectaculaire. Sa mise en scène privilégie souvent l'obscurité, le hors-champ et la suggestion sonore pour installer la tension. Dans ses films en solo, il a progressivement intégré davantage d'éléments de genre plus classiques, sans renoncer entièrement à l'esthétique brute de ses débuts. Son cinéma reste marqué par un goût pour les budgets modestes et une économie de moyens revendiquée comme une force créative.
Le Projet Blair Witch lui a valu, aux côtés de Daniel Myrick, le prix du meilleur film étranger au Festival de Cannes 1999 ainsi que le prix du meilleur film aux Independent Spirit Awards 2000. Il a également reçu le prix de réalisateur exceptionnel de long métrage aux ALMA Awards 2000, récompensant les artistes latino-américains, et le prix du meilleur scénariste aux Bram Stoker Awards la même année. Ces distinctions demeurent, à ce jour, les plus importantes de sa carrière.
Daniel Myrick reste son collaborateur historique, les deux cinéastes ayant coécrit et coréalisé Le Projet Blair Witch ainsi que plusieurs projets dérivés autour de cette mythologie. Gregg Hale, producteur rencontré dès leurs études, a accompagné une large partie de sa carrière au sein de la société Haxan Films. L'acteur Michael C. Williams, révélé par Le Projet Blair Witch, a retrouvé Sánchez dans Altered, confirmant une fidélité entre le cinéaste et certains de ses interprètes.
La menace surnaturelle tapie dans la nature sauvage, qu'il s'agisse d'une sorcière ou d'une créature cryptozoologique, structure une large part de sa filmographie. La déconstruction progressive du groupe sous l'effet de la peur, déjà présente dans Le Projet Blair Witch, revient de manière récurrente dans ses films suivants. Le doute entretenu entre réalité et fiction, au cœur de son dispositif found footage, demeure une signature esthétique constante. Enfin, un attachement pour les personnages marginaux et les récits de croyances populaires traverse l'ensemble de son œuvre.