Plusieurs années après avoir quitté le FBI, Fox Mulder vit reclus tandis que Dana Scully, devenue médecin dans un hôpital catholique, tente de sauver la vie d'un jeune garçon atteint d'une maladie dégénérative incurable. Les deux anciens agents sont rappelés en service lorsqu'une collègue du FBI disparaît mystérieusement, une enquête qui les mène jusqu'à un ancien prêtre pédophile prétendant recevoir des visions psychiques liées à l'affaire. Mulder, toujours avide de croire à l'inexplicable, et Scully, plus sceptique que jamais, doivent composer avec leurs anciennes tensions pour élucider cette disparition. Ensemble, ils devront déterminer si les visions du prêtre relèvent du don véritable ou de la manipulation la plus cynique.
X-Files : Régénération, sorti sous le titre original The X-Files: I Want to Believe, n'est pas tiré d'un livre mais constitue le second long métrage tiré de la série télévisée créée par Chris Carter, dix ans après le premier film sorti en 1998. Carter a coécrit le scénario avec Frank Spotnitz, son collaborateur historique sur la série, plusieurs années après la fin de celle-ci en 2002, en choisissant délibérément de s'éloigner de la mythologie extraterrestre pour proposer une intrigue autonome centrée sur la relation personnelle entre Mulder et Scully. L'idée du film est née de la volonté de David Duchovny, très impliqué dans sa concrétisation, de recentrer le récit sur l'évolution intime des deux personnages plutôt que sur un nouvel épisode de la conspiration gouvernementale qui traversait la série. Carter et Spotnitz ont choisi de tourner à Vancouver, ville où avaient été tournées les cinq premières saisons de la série avant son déménagement à Los Angeles, un choix perçu par l'équipe comme une manière naturelle de renouer avec l'atmosphère originelle du programme. Le tournage a débuté en décembre 2007, avec une volonté de secret maximal entretenue autour du scénario, y compris auprès des équipes techniques du film.
Les critiques ont été mitigées, plusieurs observateurs regrettant que le film s'éloigne trop de la mythologie extraterrestre qui avait fait le succès de la série pour proposer une intrigue jugée trop mineure et peu spectaculaire. D'autres ont toutefois salué la délicatesse avec laquelle Chris Carter traite la relation entre Mulder et Scully, dix ans après la fin de la série, ainsi que l'atmosphère mélancolique installée par le réalisateur malgré l'absence de rebondissements aussi marquants que par le passé. La performance de Billy Connolly dans le rôle du prêtre aux visions troublantes a également été particulièrement remarquée par la critique. Le public s'est montré partagé, de nombreux fans de la première heure regrettant l'absence de résolution autour de la mythologie de la série, tandis que d'autres ont apprécié ce retrait vers un format plus intimiste, proche des épisodes autonomes de la série originale. Le film a connu un accueil commercial mitigé, rapportant 68 millions de dollars dans le monde, un résultat jugé décevant compte tenu de l'attente suscitée par le retour de la franchise dix ans après le premier film. Plusieurs spectateurs ont néanmoins salué le plaisir de retrouver David Duchovny et Gillian Anderson dans leurs rôles emblématiques. Le film n'a pas été distingué par de récompense cinématographique majeure, mais son accueil mitigé a durablement retardé les projets d'un troisième long métrage tiré de la série, la franchise ayant finalement connu un retour sous forme de mini-saisons télévisées en 2016 et 2018.
Chris Carter et Frank Spotnitz ont choisi de s'éloigner de la mythologie extraterrestre de la série pour se concentrer sur une intrigue autonome centrée sur la relation intime entre Mulder et Scully, un choix narratif assumé pour permettre au film d'être compris sans connaissance préalable de la série. La production a imposé un secret maximal autour du scénario du film, allant jusqu'à faire signer des contrats de confidentialité stricts à l'ensemble des collaborateurs techniques, dont le compositeur Mark Snow, présent depuis les débuts de la série. Le tournage s'est déroulé à Vancouver, ville où avaient été tournées les cinq premières saisons de la série télévisée avant son déménagement à Los Angeles, un choix logistique et symbolique perçu par Chris Carter et David Duchovny comme une évidence pour retrouver l'atmosphère originelle du programme.
Le film explore la tension entre foi et raison, incarnée par l'opposition entre le mysticisme de Mulder et le scepticisme scientifique de Scully, cette dernière confrontée à un dilemme médical et éthique autour d'un traitement expérimental pour un jeune patient. Il aborde également la rédemption et la possibilité du pardon, à travers le personnage du prêtre aux visions troublantes, ancien coupable d'actes pédophiles cherchant une forme d'expiation par ses dons psychiques.
Mulder et Scully découvrent que les visions du prêtre, bien que troublées par son passé criminel, s'avèrent en réalité liées à un trafic d'organes orchestré par un réseau clandestin plutôt qu'à une simple manipulation psychologique. Après avoir résolu l'enquête et sauvé l'agente disparue, les deux anciens partenaires choisissent de reprendre leur vie commune loin du FBI, réaffirmant la solidité de leur lien malgré les épreuves traversées au fil du récit. Le film se conclut sur cette note d'apaisement personnel, plus centrée sur l'évolution du couple que sur une résolution de la grande conspiration gouvernementale qui a longtemps structuré la série.
Le titre original, I Want to Believe, reprend l'inscription du célèbre poster accroché dans le bureau de Mulder tout au long de la série, symbolisant sa quête perpétuelle de vérité face à l'inexplicable, tandis que le titre français, Régénération, insiste davantage sur le retour et la renaissance des deux personnages après des années d'absence.
L'accueil mitigé du film a longtemps retardé les projets d'un troisième long métrage, la franchise ayant finalement été relancée sous forme de deux mini-saisons télévisées diffusées en 2016 et 2018, avant que Chris Carter n'annonce en 2025 travailler sur une version director's cut du film restaurant des éléments d'horreur coupés au montage.
Les amateurs du film pourront se tourner vers The X-Files : Combattre le futur, premier long métrage tiré de la série et davantage centré sur sa mythologie extraterrestre, ou vers Zodiac de David Fincher, qui partage avec ce second film une atmosphère glaciale et une enquête centrée sur l'obsession de la vérité.