En 1959, au cœur des montagnes kabyles, le jeune lieutenant Terrien prend le commandement d'une section de l'armée française engagée dans la guerre d'Algérie. Idéaliste et convaincu de la nécessité d'une guerre menée dans le respect du droit, il se heurte rapidement au sergent Dougnac, militaire endurci et désabusé par des années de conflit. Confrontés ensemble à la violence extrême des deux camps, torture, exécutions sommaires et massacres de civils, les deux hommes voient leurs certitudes vaciller. Cette plongée dans l'horreur du conflit finit par transformer profondément Terrien, qui découvre que son pire ennemi n'est peut-être pas celui qu'il croyait.
Le projet naît d'un déjeuner entre l'acteur Benoît Magimel et le documentariste et historien Patrick Rotman, à qui Magimel confie son désir de longue date de porter à l'écran la guerre d'Algérie, conflit qui le fascine sans qu'il y ait de lien personnel direct. Rotman, qui travaillait alors justement sur un projet documentaire consacré au même sujet, suggère à son ami le réalisateur Florent-Emilio Siri d'adapter cette matière sous forme de fiction. Le scénario s'inspire directement de l'ouvrage de Rotman La Guerre sans nom publié en 1992, ainsi que du documentaire télévisé du même titre coécrit avec Bertrand Tavernier et diffusé en 2002, qui donnait la parole à d'anciens appelés du contingent. Siri, marqué par des films de guerre comme La 317e section ou par le cinéma américain sur le Vietnam tel qu'Apocalypse Now et Platoon, ambitionne de proposer l'équivalent français de ce type de récit sur la décolonisation. Le tournage se déroule au Maroc, dont les paysages montagneux permettent de recréer avec réalisme la région kabyle des années 1950.
Le film reçoit un accueil critique globalement favorable, salué pour son ambition de traiter frontalement un sujet longtemps resté tabou dans le cinéma français, la torture et les exactions commises durant la guerre d'Algérie. Certaines voix plus critiques, notamment dans les Cahiers du cinéma, reprochent au film de recourir à un schéma narratif convenu, celui du jeune officier idéaliste perdant peu à peu ses illusions au contact de la barbarie. Le film suscite également une réception politique vive, certains observateurs saluant sa capacité à révéler au grand public l'usage du napalm par l'armée française, tandis que d'autres, notamment issus de la communauté harkie, dénoncent une représentation jugée partiale du conflit. Le film obtient plusieurs récompenses internationales, dont le Grand Prix ainsi que les prix de la meilleure réalisation et du meilleur acteur au Festival international du Caire en 2007.
Le film est né d'une conversation informelle entre Benoît Magimel et le documentariste Patrick Rotman, une rencontre fortuite qui a directement donné naissance au projet de fiction. Florent-Emilio Siri explique avoir voulu s'inscrire dans la lignée du cinéma de guerre qui l'a marqué durant sa jeunesse, en particulier La 317e section de Pierre Schoendoerffer sur la guerre d'Indochine. Le tournage s'est déroulé au Maroc, dont les paysages montagneux servent de doublure crédible à la région kabyle de l'Algérie des années 1950, une contrainte de production liée à la sensibilité toujours vive du sujet en Algérie même. L'équipe du film a mis en place, en marge de sa sortie en salles, un site pédagogique proposant bibliographie, carte interactive et lexique, une démarche pédagogique rare pour accompagner un film de guerre grand public.
Le film explore la perte progressive de l'idéalisme au contact de la violence de guerre, à travers la transformation du lieutenant Terrien qui finit par reproduire les méthodes brutales qu'il condamnait au départ. Il aborde frontalement l'usage de la torture et du napalm par l'armée française, des pratiques longtemps minimisées dans la mémoire collective nationale de ce conflit. La position tragique des harkis, pris entre deux loyautés et méprisés par les deux camps, occupe également une place importante du récit. Enfin, le film interroge la frontière ténue entre soldat et bourreau, suggérant que la guerre transforme inexorablement ceux qui y participent, quel que soit leur camp d'origine.
Terrien, progressivement transformé par les atrocités auxquelles il a été mêlé, en vient lui-même à participer aux exactions qu'il refusait initialement, ce basculement moral constituant le cœur tragique du film. Sa mort survient finalement de la main du jeune garçon qu'il avait pourtant sauvé plus tôt dans le récit, dont le frère a été tué lors d'un bombardement français, geste qui vient clore le cycle de violence engagé par la guerre. Cette fin tragique refuse toute rédemption facile, soulignant que la guerre ne laisse aucun de ses acteurs indemne, ni moralement ni physiquement. Le film se termine ainsi sur une note profondément pessimiste quant à la possibilité de sortir intact d'un tel conflit.
Le titre L'Ennemi intime renvoie à l'idée que la plus grande menace pour les soldats engagés dans ce conflit n'est pas seulement l'adversaire armé, mais la part d'eux-mêmes capable de basculer dans la même barbarie qu'ils dénoncent chez l'ennemi. Il reprend directement le titre du documentaire de Patrick Rotman et Bertrand Tavernier dont s'inspire le film, qui interrogeait déjà la difficulté pour les anciens appelés de se reconnaître dans les actes qu'ils avaient commis. Le titre suggère enfin que la guerre transforme l'ennemi extérieur en une menace intérieure, chacun devenant potentiellement son propre pire adversaire.
Le film continue d'être régulièrement utilisé dans un cadre pédagogique pour aborder la guerre d'Algérie auprès des lycéens français, la production ayant mis en ligne dès sa sortie un site dédié comprenant dossier pédagogique et bibliographie.
Ce film peut être rapproché de La Bataille d'Alger de Gillo Pontecorvo pour son traitement de la guerre d'Algérie, ainsi que de films de guerre américains comme Platoon ou Apocalypse Now, qui explorent une désillusion similaire face à la violence du combat.