À Sète, monsieur Beiji, soixante et un ans, perd son emploi dans un chantier naval du port après des années de travail éreintant. Divorcé mais toujours très lié à son ex-femme et à ses enfants, il vit désormais avec la patronne de l'hôtel où il réside et la fille de celle-ci, Rym. Avec son indemnité de licenciement, il décide d'ouvrir un restaurant de couscous au poisson sur un vieux bateau amarré au port, un projet qui va mobiliser l'ensemble de sa famille recomposée et de ses amis. Le film suit avec minutie les préparatifs de ce rêve tardif, jusqu'à une soirée d'ouverture qui vire à l'épreuve collective.
Abdellatif Kechiche rédige une première version du scénario de La Graine et le Mulet dès le milieu des années 1990, avant même d'écrire celui de son premier long métrage, La Faute à Voltaire, sorti en 2001. À l'époque, il envisage de confier le rôle principal à son propre père et les autres rôles à des membres de sa famille, avec un tournage prévu à Nice, sa ville natale. Il met ce projet de côté pour réaliser d'abord La Faute à Voltaire, pour lequel il obtient un financement, puis L'Esquive, avant de revenir à cette histoire de reconversion et de transmission familiale. Le scénario finalement tourné déplace l'action à Sète, sur le port et dans le quartier populaire de l'île de Thau, et s'appuie très largement sur des acteurs non professionnels. Le tournage a lieu en 2005, mais la postproduction s'étire sur deux années avant la sortie du film en 2007, un délai inhabituellement long pour ce type de production. Kechiche explique le choix du titre par une identification personnelle au mulet, poisson têtu et capable de s'adapter à des conditions de vie difficiles, qui rejoint selon lui la trajectoire de son personnage principal. Le film s'inscrit dans la continuité de son cinéma social et naturaliste, attentif à la vie quotidienne des classes populaires issues de l'immigration maghrébine en France.
Le film est très bien accueilli à sa présentation à la Mostra de Venise 2007, où la critique italienne le désigne rapidement comme l'un des favoris du palmarès. La presse française salue la capacité de Kechiche à filmer les scènes du quotidien, notamment les longs repas de famille, avec une intensité et une vérité rarement atteintes, comparant parfois son approche au néoréalisme italien ou aux fresques familiales de Marcel Pagnol. La révélation de la jeune actrice Hafsia Herzi, alors inconnue, est unanimement remarquée par les critiques.
Le film touche un public plus large que ses œuvres précédentes, porté par le bouche-à-oreille et par la reconnaissance critique obtenue dans les festivals. De nombreux spectateurs soulignent la force émotionnelle de la scène finale, jugée éprouvante mais nécessaire par la plupart des critiques, malgré sa longueur inhabituelle. Le film est considéré comme l'une des œuvres les plus marquantes du cinéma social français des années 2000.
La Graine et le Mulet remporte le Prix spécial du jury à la Mostra de Venise 2007, ex-aequo avec I'm Not There de Todd Haynes, ainsi que le Prix Marcello-Mastroianni du meilleur jeune espoir pour Hafsia Herzi. Il reçoit également le prestigieux Prix Louis-Delluc 2007, souvent considéré comme l'équivalent cinématographique du prix Goncourt. Aux Césars 2008, le film obtient quatre récompenses majeures, dont celles du meilleur film, du meilleur réalisateur et du meilleur scénario.
Abdellatif Kechiche avait initialement conçu ce projet comme une œuvre profondément autobiographique et familiale, envisageant de confier le rôle principal à son propre père avant de finalement opter pour des comédiens non professionnels recrutés à Sète.
Le tournage, achevé en 2005, a nécessité deux années de postproduction avant la sortie en salles en 2007, un délai qui témoigne du soin apporté au montage, en particulier à la très longue scène de fête finale.
La comédienne Bouraouïa Marzouk, qui interprète l'ex-épouse de monsieur Beiji, a mis à profit ses propres talents de cuisinière pour le tournage de la scène du couscous, dont la préparation a mobilisé l'équipe pendant une quinzaine de jours. L'acteur Abdelhamid Aktouche, venu au départ simplement accompagner sa fille au casting, a été repéré et engagé pour un rôle, ce qui lui a permis de jouer du luth, sa véritable passion, dans l'une des scènes musicales clés du film. Pendant le tournage à Sète, la réalisatrice Agnès Varda, qui avait passé son adolescence dans la ville et y avait tourné son propre premier long métrage, La Pointe courte, en 1954, est venue rendre visite à l'équipe de Kechiche.
Le film explore la transmission entre générations et la solidarité familiale, envisagées comme les seules ressources véritables d'un homme dépossédé de son travail par une société qui ne le considère plus. Il interroge aussi le monde du travail et la précarité, à travers le licenciement du personnage principal et les obstacles administratifs et financiers auxquels il se heurte pour monter son projet de restaurant. L'identité et l'intégration des populations issues de l'immigration maghrébine en France sont également au cœur du récit, incarnées par une famille recomposée entre plusieurs générations et plusieurs cultures. Le film met enfin en scène le désir de laisser une trace, de transmettre quelque chose à ses enfants avant qu'il ne soit trop tard, thème incarné par le rêve tardif mais obstiné de monsieur Beiji.
Le soir de l'ouverture du restaurant, la semoule du couscous a été oubliée dans la précipitation, obligeant Rym à courir dans toute la ville pour tenter d'en récupérer à temps, tandis que monsieur Beiji, épuisé, se lance à la poursuite de jeunes qui viennent de lui voler son scooter, indispensable pour prévenir les cuisiniers du retard. Le film alterne, dans un montage parallèle éprouvant, la course haletante de Rym et l'errance physique de monsieur Beiji, dont la santé se dégrade visiblement sous nos yeux au fil de sa poursuite. Le film se referme sur cette image de course épuisée, sans montrer explicitement l'issue du repas ni le sort final de monsieur Beiji, laissant le spectateur dans une tension non résolue entre catastrophe imminente et espoir tenace. Cette fin ouverte, très commentée à sa sortie, peut se lire comme une métaphore de l'énergie vitale que ce personnage âgé consacre jusqu'à l'épuisement à la réalisation de son rêve, quel qu'en soit le prix.
Le mulet évoqué dans le titre n'est pas l'équidé né du croisement d'un âne et d'une jument, mais une variété de poisson qui agrémente le couscous dans la cuisine tunisienne, plat central du projet de restaurant de monsieur Beiji. Kechiche explique s'identifier à ce poisson têtu, capable de s'adapter à des conditions de vie difficiles et de s'échapper des filets en sautant à des hauteurs surprenantes, une image de résistance et de ténacité populaire. La graine, quant à elle, renvoie à la semoule du couscous mais aussi, plus largement, au symbole de quelque chose en germe, promis à évoluer et à porter ses fruits, à l'image du projet porté par le personnage principal.
L'Esquive, précédent film d'Abdellatif Kechiche, partage avec La Graine et le Mulet cette attention portée aux quartiers populaires et à une jeunesse française issue de l'immigration, filmée avec un naturalisme comparable. Le Grand Bain ou d'autres comédies sociales françaises centrées sur la reconversion tardive et la dignité par le travail offrent des résonances thématiques, même si le style de Kechiche reste unique par sa durée et son intensité. Les films de Ken Loach, pour leur attention aux classes populaires et à la dignité du travail, constituent également une référence souvent citée à propos du cinéma social de Kechiche.