Échouée sur une planète-prison minière baptisée Fiorina 161, Ripley est la seule survivante de son vaisseau. Elle découvre avec horreur qu'un alien a suivi le vaisseau et commence à massacrer les prisonniers. Dans cet environnement hostile peuplé de criminels fanatiques, elle doit faire face à un monstre seul, sans arme ni technologie. L'équipage survit en tentant de piéger la bête dans les tunnels de plomb de la fonderie.
Le film n'est pas tiré d'un roman, mais de la nécessité de la Fox de poursuivre l'exploitation de la franchise après le succès colossal du précédent opus. Le projet a traversé une véritable tourmente de développement, avec des dizaines de scénarios rejetés avant d'opter pour l'idée d'une planète-prison. L'inspiration est venue d'une nouvelle approche très sombre, voulant revenir à l'horreur claustrophobe du premier film en éliminant toutes les armes. David Fincher, qui n'était qu'un jeune réalisateur de clips publicitaires à l'époque, a été choisi presque par défaut après le départ de plusieurs autres candidats. Il s'est inspiré de l'esthétique industrielle et gothique pour créer une atmosphère de fin du monde et de désespoir absolu. La production a imposé au réalisateur un script non finalisé, ce qui a conduit à des réécritures quotidiennes sur le plateau. L'idée d'une Ripley rasée et confrontée à des meurtriers visait à la dépouiller de son statut d'héroïne intouchable. C'est cette atmosphère de fatalité qui a guidé la vision finale du réalisateur malgré les pressions du studio.
Les critiques professionnelles ont été très sévères envers ce troisième opus, jugeant le film trop sombre, lent et dépourvu de l'énergie de ses prédécesseurs. Beaucoup de journalistes ont regretté la mort brutale des survivants du film précédent, la qualifiant de trahison envers les fans. La réalisation de David Fincher a été critiquée pour son excès de stylisme sombre qui nuisait parfois à la lisibilité de l'action. Cependant, quelques critiques ont salué l'audace de proposer un film de science-fiction aussi déprimant et nihiliste. Le public a été extrêmement divisé, beaucoup de spectateurs étant sortis des salles choqués et déçus par le manque d'action pure. Le film a réalisé de bons résultats au box-office initial, mais a vite chuté en raison du bouche-à-oreille négatif. Les fans de longue date ont mis des années à apprécier ce volet, le considérant aujourd'hui comme un chef-d'œuvre maudit de la franchise. L'ambiance oppressante a fini par trouver son public chez les amateurs de cinéma sombre et existentialiste. Le film n'a remporté aucune récompense majeure lors de sa sortie, étant largement ignoré par les cérémonies de prestige. Il a obtenu une nomination aux Oscar pour les effets visuels, récompensant le travail de l'équipe malgré le contexte difficile. Les Saturn Awards l'ont ignoré dans les catégories principales, ne lui accordant qu'une mention technique mineure. C'est bien plus tard, lors d'éditions spéciales vidéo, que le travail de Fincher a été réévalué par des associations de critiques. Le film est souvent cité dans des rétrospectives comme l'un des grands films mal aimés des années 90.
David Fincher s'est fortement inspiré de l'œuvre du peintre Francis Bacon pour concevoir l'esthétique brute et déformée de l'Alien et de la planète. Il a regardé de nombreux films de guerre et de prisons pour ancrer la violence des prisonniers dans une réalité crue et crasseuse. Le réalisateur voulait que chaque plan reflète la sueur, la rouille et la saleté d'un monde abandonné par Dieu. Cette approche viscérale a permis de créer une terreur purement physiologique chez le spectateur. Le tournage a été un véritable cauchemar, Fincher étant constamment contredit par les producteurs qui ne faisaient pas confiance à un débutant. Le script n'était pas terminé quand le tournage a commencé, obligeant l'équipe à construire des décors sans savoir exactement comment ils seraient utilisés. Les retards et les dépassements de budget ont conduit le studio à menacer de remplacer le réalisateur en plein milieu de la production. Les relations entre l'équipe technique américaine et britannique étaient tendues, créant un climat de travail très toxique. La scène de la mort de l'Alien, où il est ébouillanté dans le plomb en fusion, a été l'une des plus complexes à mettre en œuvre. Les effets spéciaux mécaniques du monstre tombaient en panne en permanence sous la chaleur intense des projecteurs. Sigourney Weaver a dû jouer certaines scènes de panique avec de vrais vers et de la boue puante pour renforcer son désespoir. Une scène coupée au montage montrait l'Alien naître d'un bœuf, remplacée au dernier moment par un chien pour des raisons budgétaires. Le rôle de Ripley était évidemment réservé à Sigourney Weaver, qui a accepté de revenir à condition que le film soit centré sur la mort de son personnage. Pour le rôle du docteur Clemens, d'autres acteurs plus connus ont été approchés avant que Charles Dance ne soit choisi pour son élégance tragique. Le personnage de Dillon a été écrit pour un acteur à la voix imposante, et Charles S. Dutton a immédiatement impressionné le casting par sa présence physique. Plusieurs acteurs de la série télévisée Alien Nation ont été auditionnés pour les rôles des prisonniers.
Le film aborde de front le thème de la mort et de l'acceptation de la fatalité, Ripley sachant qu'elle porte un alien en elle et est condamnée. Il explore la rédemption à travers les prisonniers, qui cherchent à trouver une forme de paix spirituelle dans ce lieu de fin du monde. L'œuvre interroge la maternité sous un angle terrifiant, le monstre naissant d'un chien et Ripley portant une reine en elle. La religion et le fanatisme sont centraux, la communauté de prisonniers trouvant dans la foi une arme contre le désespoir, mais aussi une forme de folie. Le thème de l'isolement est poussé à l'extrême, l'héroïne étant entourée d'hommes qui la haïssent ou la considèrent comme un objet. La sexualité y est traitée de manière agressive et refoulée, les prisonniers étant censurés et l'Alien symbolisant une menace sexuelle violente. Le film soulève aussi la question du sacrifice de soi, Ripley choisissant de se sacrifier pour détruire le spécimen de la Corporation. Enfin, la notion d'impureté corporelle est omniprésente, la maladie et la pourriture rongeant aussi bien les humains que le vaisseau.
Après avoir découvert qu'un alien a éclos à l'intérieur d'elle, Ripley comprend qu'elle ne peut pas laisser la Corporation s'emparer de la reine. Elle refuse de suivre les mercenaires de la Weyland-Yutani et descend dans la fonderie pour affronter le monstre. Avec l'aide des derniers prisonniers survivants, elle piège l'alien en l'attirant dans un puits de plomb en fusion. Au moment où la bête est sur le point de la tuer, Ripley active la minuterie et se jette dans le métal bouillant pour s'empêcher d'être récupérée. Son suicide est un acte de rébellion ultime contre l'entreprise qui la traite comme un cobaye. La dernière image montre son corps consumé par le feu, le sourire presque soulagé d'avoir enfin trouvé la paix. Cette fin définitive et sans espoir clôt le cycle de Ripley de manière tragique et héroïque. Le spectateur est laissé avec un sentiment de deuil, sachant que l'héroïne a sacrifié sa vie pour le plus grand bien. C'est l'un des dénouements les plus sombres et poignants de l'histoire de la science-fiction.
Le titre Alien 3 est le plus minimaliste et le plus froid de toute la saga, se contentant d'indiquer la suite logique de la franchise. L'absence de sous-titre, contrairement aux autres volets, reflète l'aspect brut et dépouillé du film lui-même. Ce chiffre 3 sonne comme une sentence, rappelant que cet opus est celui de la trinité brisée et de la mort. Il indique au spectateur qu'il ne s'agit plus d'une exploration ou d'un retour, mais d'une fin de cycle inéluctable. Le titre refuse toute fioriture, tout comme le film refuse tout réconfort ou toute joie. En ne nommant pas la planète ou la menace, le titre renforce le sentiment d'enfermement dans une équation mathématique sans issue. C'est un titre qui assume sa nature de produit de série tout en annonçant une rupture stylistique violente. Il marque également la fin de l'ère des films Alien centrés uniquement sur Ripley avant les reboot. Au final, ce chiffre nu est la signature parfaite d'un film qui nie toute forme d'espoir.