Les agents spéciaux du FBI Fox Mulder et Dana Scully font face à la fermeture de leur service dédié aux affaires non classées. Affectés à des enquêtes de routine, ils se retrouvent mêlés à l'explosion d' d'un bâtiment fédéral d'un bâtiment officiel au Texas qui dissimule un terrible secret. Aidés par un médecin complotiste, ils découvrent les preuves d'un virus extraterrestre mortel dissimulé par le gouvernement américain. Leur quête de vérité va les mener des déserts américains jusqu'aux glaces de l'Antarctique.