En 2089, une équipe scientifique part à la recherche des origines de l'humanité sur une lointaine planète, guidée par des indices laissés par les "Ingénieurs", une civilisation extraterrestre. À bord du vaisseau Prometheus, les explorateurs découvrent une structure gigantesque qui recèle de sombres secrets. Mais leur quête de réponses se transforme rapidement en cauchemar lorsqu'ils réveillent une menace mortelle. Ce voyage aux confins de l'univers remet en question tout ce que l'humanité croyait savoir sur ses propres origines.