Nikita est une jeune junkie marginalisée qui commet un meurtre impulsive lors d'un hold-up raté. Condamnée à la prison à perpétuité, elle est secrètement recrutée par un service secret gouvernemental qui la déclare morte. Après un entraînement brutal, elle est transformée en une tueuse d'élite et infiltrée sous une fausse identité dans la société. Sa nouvelle vie bascule quand elle tombe amoureuse d'un homme ordinaire, ce qui menace de détruire sa couverture et sa survie.