La bande préhistorique se retrouve séparée lorsque la dérive des continents les emporte sur des icebergs à la dérive. Manny, perdu et loin de sa famille, doit naviguer sur les océans pour retrouver les siens et faire face aux pirates de la mer. Pendant ce temps, Sid et Diego rencontrent des créatures marines et vivent des aventures rocambolesques. Cette nouvelle odyssée emmène nos héros à la découverte des océans et des mystères de la Terre.