Au dix-septième siècle, alors que la peste ravage l'Italie, la jeune Benedetta Carlini rejoint le couvent de Pescia en Toscane pour devenir religieuse. Dotée depuis l'enfance d'un don pour les visions mystiques et les miracles, sa présence bouleverse peu à peu l'équilibre de la communauté religieuse. La rencontre avec Bartolomea, une jeune femme fuyant un père violent, fait naître entre les deux femmes une relation passionnée qui défie les lois de l'Église. Entre foi sincère, manipulation et désir charnel, Benedetta interroge la frontière trouble entre sainteté et subversion.