Trois ans après les événements du premier film, la zone urbaine sensible de Banlieue 13 est plus que jamais murée et livrée à elle-même, sous la coupe de plusieurs gangs rivaux. Leito et Damien, réunis à nouveau, découvrent un complot des autorités visant à raser purement et simplement le quartier pour y construire des tours d'affaires. Pour déjouer ce plan, les deux hommes doivent unir les différents clans de la cité, habituellement en guerre les uns contre les autres. Course-poursuites et affrontements chorégraphiés s'enchaînent alors que le compte à rebours vers la destruction programmée du quartier s'accélère.