Dans l'Égypte antique du IVe siècle, la ville d'Alexandrie est en proie à de violentes révoltes religieuses qui menacent le savoir universel. Au cœur de cette tourmente, la brillante mathématicienne et philosophe Hypatie tente de protéger les connaissances accumulées de la Grande Bibliothèque. Pendant ce temps, son jeune esclave Davus est tiraillé entre son amour secret pour elle et la promesse de liberté qu'offre le christianisme ascendant. Ce récit tragique dépeint le déclin d'une ère de science face à la montée du fanatisme.